Ninja is die held van baie speletjies, en in Carrot Ninja lyk hy baie soos 'n gewone wortel. So dit is - dit is 'n wortelninja en hy is van plan om na die volgende pagode op elke vlak te kom. Dit is die doel van die held. Help hom om behendig op die platforms te spring, versamel munte indien moontlik. Verder op die vlakke sal daar bykomende struikelblokke wees in die vorm van robot-egels en ander probleme waaroor gespring moet word. In die regter boonste hoek vind jy die aantal wortellewens in die vorm van groen blare. Sodra jy hulle opgebruik, sal die vlak in Carrot Ninja herbegin moet word.