'N Ninja bestee elke dag 'n paar uur aan opleiding, en dit is nodig om nie vorm te verloor nie en nie gesig op 'n kritieke oomblik te verloor nie. Die held van die spel Jungle Runner is 'n vaardige en ervare vegter, maar sy opleiding bevredig hom nie meer nie, dit kom te maklik vir hom, wat beteken dat hy nie ontwikkel nie. Daarom het die held besluit om in die oerwoud te gaan en 'n vertikale hardloop deur die bome te doen. Die held sal met ongelooflike spoed opwaarts jaag, en jou taak is om seker te maak dat hy nie met enigiets of enigiemand bots nie. Dit blyk dat ons ninja nie alleen in die oerwoud is nie, boonop sal mutante bye in Jungle Runner hom probeer keer.
