Waardevolle boekrolle is gesteel uit die klooster waar ons ninjaheld gewoon en bestudeer het. Magiese rys word op dun ryspapier gedruk. Enigiemand wat dit lees, kan die heerser van die Hemelse Ryk word. Waardevolle artefakte word al eeue lank in die kas gehou, maar iemand het daarin geslaag om dit te steel en weg te voer. Sensei het sy beste student op soek gestuur, maar sonder jou kon hy nie in Ninja Run klaarkom nie. Die man word nie net deur slegte mense teengestaan u200bu200bnie, maar deur regte bose samurai-demone uit die onderwêreld. Gedurende die lewe was hulle bekwame krygers, en na die dood het hulle die duiwel begin dien en magiese vaardighede is tot hul vermoëns toegevoeg. Die ninja moet staalsterre hardloop, spring en gooi om vyande te hanteer.
