Die held van die spel Shinobi Swarm sal alle soorte nabygevegwapens gebruik, en met jou hulp sal hy vinnig supervaardighede aanleer en aanvalle van 'n swerm monsters kan afweer. Dit is nodig om te oorleef, anders sal die shinobi 'n gewisse dood in die gesig staar. Hy het in die woestyn aangekom vir verkenning, sy hoofaktiwiteit is spioenasie, die ninja is nie gewoond daaraan om aandag op homself te trek deur stil op te tree nie. Hierdie keer het dinge egter buite beheer geraak. Die monsters het lewende vlees aangevoel en kon nie gekeer word nie. Tussen aanvalle, kies supervermoëns of superwapens om in Shinobi Swarm te oorleef.
