In die tweede deel van die Virus Ninja 2-speletjie help u 'n dapper ninja-vegter om verskillende virusse te beveg. Voor u op die skerm sal daar 'n speelveld wees waarop verskillende bakterieë sal verskyn. Hulle sal in verskillende rigtings en op verskillende snelhede beweeg. Om dit te vernietig, moet u 'n swaard gebruik. Kyk mooi na die skerm en dryf voorwerpe met die muis. U sal dus die bakterieë slaan en in stukke kap. Soms kan bomme tussen hierdie voorwerpe verskyn. U moet hulle nie swaai nie.