Die seerowers het almal gekry en selfs die ninja het hul geduld verloor en besluit om die vermetele seerowers te straf. 'n Groep ninja's stel 'n hinderlaag op een van die eilande waar seerowers van tyd tot tyd kyk om hul gesteelde skatte weg te steek. In die spel Angry Ninja sal jy die ninja help om die seerowers te vernietig. Die skurke sal probeer om vestings te bou en daaragter wegkruip, maar jou akkurate skote sal alles in hul pad wegvee. Die spel Angry Ninja is gemaak in die styl van Angry Birds, maar in plaas van hulle en varke, heeltemal verskillende karakters. Ninjas self sal projektiele word, en jy sal hulle na die seerowers lanseer wat agter verskillende soorte balke in Angry Ninja weggekruip het.