Die ninja-seun wil aan sy onderwyser bewys dat hy gereed is vir ernstige uitdagings en verantwoordelike take aan hom toevertrou kan word. In die speletjie Ninja Boy Flying het hy in die geheim na 'n gevaarlike gebied gegaan wat deur rowers en allerhande kriminele elemente bewoon is. Die held is van plan om dit teen spoed te hardloop, en waar dit nodig is om wye hindernisse te oorkom, sal hy 'n sweefvlug gebruik. Vyande sal na jou toe hardloop en jy kan óf oor hulle spring óf hulle uitskakel met 'n behendige gooi van 'n shuriken - 'n staalster met skerp kante. Jy moet vinnig op struikelblokke reageer en selfs vinniger besluit hoe om dit te oorkom in Ninja Boy Flying.
