'n Dapper ninja-vegter het 'n antieke kerker binnegegaan. Ons held sal dit moet verken en al die goue towermuntstukke moet versamel. Jy in die spel Ninja Auto Run sal hom help in hierdie avontuur. Voor jy op die skerm sal jy een van die kamers van die kerker sien. Jou held sal teen 'n sekere spoed daarop hardloop. Op sy pad sal spykers uit die grond uitsteek, hindernisse van verskillende hoogtes en ander lokvalle verskyn. Wanneer jou held na hierdie gevare hardloop, sal jy hulle moet laat spring. Op hierdie manier sal jou ninja deur al hierdie gevare vlieg. Help die karakter op pad om goue munte te versamel waarvoor jy punte in die Ninja Auto Run-speletjie sal kry.
