Die spel Alien Quarantine vind plaas op die gebied van 'n geheime laboratorium waar eksperimente uitgevoer word op gevange uitheemse wesens. Een van die aliens het daarin geslaag om los te kom, hy het die ander bevry en ware chaos het in die laboratorium begin. Die held van die spel Alien Quarantine word op verkenning gestuur, maar word met 'n gevaarlike vyand in die gesig gestaar. Hy moet die sekuriteitstelsel herstel om te verhoed dat monsters by ander sektore inbreek. Om dit te doen, moet jy verskeie toestelle aktiveer, beweeg en skiet, om uitheemse aanvalle te ontwyk.
