'n Ongeluk het plaasgevind in 'n geheime navorsingskompleks, in een van die sektore nommer nege. Die energietoevoer is ontwrig, en daarom kan die eksperiment, wat al 'n geruime tyd aan die gang is, onderbreek word, wat tot onomkeerbare gevolge sal lei. Die held van die speletjie Sector Nine: Lockdown het die situasie gaan regstel. Dit is nodig om die energietoevoer te herstel, maar om by die bron te kom is nie maklik nie; die pad word onverwags deur grillerige wesens versper. Jy sal jou pad moet oopmaak deur te beweeg, te skiet en te spring op platforms in Sektor Nege: Lockdown
