Rune speel 'n groot rol in verskeie magiese rituele en seremonies, maar nie almal kan die tekens lees en bemeester nie. In The Runic Conjecture sal jy en 'n klipblokkarakter van een plek na 'n ander beweeg en 'n hek oopmaak. Om hulle oop te maak, moet jy al die klippe met inskripsies aktiveer en dit in een kombineer. Soek 'n klip met gloeiende runiese simbole en begin daarmee. Jy moet 'n kombinasie vind wat die runes sal toelaat om met dieselfde op ander stele te verbind. 'n Ketting moet vorm wat die slot sal oopmaak en oopmaak in The Runic Conjecture.