Die bekende spotprentkarakter, die redder van die mensdom, tienjarige Ben Tennyson het 'n voorsprong bo ander aardbewoners deurdat hy 'n spesiale horlosie van uitheemse oorsprong kan gebruik, wat hom in verskeie verteenwoordigers van ander planete kan verander. Maar in die spel Ben 10 Run sal daar geen transformasies wees nie, die held sal staatmaak op sy eie krag en uithouvermoë. Hy sal oor 'n oop woestyngebied moet hardloop en oor verskeie hindernisse spring. Die rede vir sy vlug is die verdwyning van sy niggie Gwen. Jy moet alles vinnig doen sonder om tyd te mors, so jy moet die held help om oor hindernisse te spring en kristalle in Ben 10 Run te versamel.