Tot nou toe moes Mario slegs bose sampioene, slakke en ander trawante van sy ewige vyand Bowser hanteer. Maar dit is net blomme in vergelyking met wat op hom wag in Super Mario Commander. 'N verraderlike aanval vanuit die ruimte is onverwags op die World of Mario gemaak. Verskriklike en bose wesens, tot in die tande gewapen, het verwoesting gesaai in die eens vreedsame koninkryk. Mario sal 'n ernstige wapen moet opneem en die rol van 'n superheld moet speel. En om die sukses te behaal, help die loodgieter 'n nuwe rol vir homself. Dit is nodig om die platforms van ruimte -seerowers skoon te maak en die wêreld weer op aarde te bring in Super Mario Commander.
