SpongeBob het saam met sy vriende die onderwater koninkryk gaan besoek. Hier wil hulle aan 'n skaaktoernooi deelneem. In Bikini Bottom Chess sal u SpongeBob help om dit te wen. 'N Skaakbord verskyn op die skerm op die speelveld waarop wit en swart stukke sal wees. Hulle sal as verskillende seediere ontwerp word. Elke stuk kan net volgens sekere reëls beweeg. U kan u vertroud maak met hulle deur die spesiale instruksies aan die begin van die spel te lees. Die spel sal dan begin. U taak is om bewegings te maak en die stukke van die opponent te vernietig om sy koning in 'n skaakmat te probeer plaas. As u slaag, sal u die wedstryd wen.