Antieke Japan, daar was spesiale tempels waarin hulle sulke oorloë voorberei het soos die ninja. U in die spel Ninja Runs 3d gaan na een van hulle en help een ninja om verskillende soorte opleiding te ondergaan. Vandag sal jou held saam met ander ninjas op 'n spesiaal gebou hindernisbaan moet hardloop en eerste by die wenstreep kom. U sal sy optrede bestuur. U moet oor baie hindernisse spring, oor verskeie hindernisse klim en nog vele meer aksies uitvoer wat u ninja sal help om die kompetisie te wen.