Daar is 'n kultus, waar jong seuns leer die kuns van die ninja. Dit is 'n baie moeilike pad, wat nie net 'n goeie fisiese voorbereiding, maar ook moed verg. Om te voldoen aan al die wette van die kode ninja, nie almal kan. Die Ninja Boy spel, sal jy bekend gestel word aan Kuhn, 'n seun wat besluit het om sy lewe te wy aan die ninja-kode. Gister het aangeval by sy skool. Die aanvallers is nie mense nie, en 'n paar baie vreemde monsters. Hulle gesteel het al die skatte van die ninja skool. Nou, net Kun kan herstel gesteel, maar hy het jou hulp nodig. Jy moet hom te lei sodat hy, met die minimum aantal beweeg, doodmaak monsters en skatte teruggekeer.
