Sonic het die geleentheid om sy ou vyand Knuckles te hanteer. Die blou reier het onverwagte inligting oor die ligging van sy opponent ontvang en beoog om soontoe te gaan. Saam met hul vriend en assistent Tails sal die helde per vliegtuig na die eiland gaan. Nadat hulle geland het, sal hulle Knuckles ontmoet, maar hy sal vinnig verdwyn. Jy moet Sonic en sy vriend help om die skurk te jaag. Hy het baie lokvalle op die eiland geplaas sodat niemand hom kon inhaal nie, maar Sonic kan nie gestop word nie, en jy sal die held se beweging streng beheer en verhoed dat hy in skerp spykers vasloop. Versamel ringe, dit sal altyd nuttig wees vir die held in Sonic 3 & Knuckles.
