Prinses Peach is weer ontvoer, Bowser kan nie kalmeer nie, en dit is tyd om af te tree, maar steeds daar, gee hom 'n skoonheid. Mario moet die pad vat, en hy is ook nie die eerste varsheid nie. Vir die eerste keer het die loodgieter sy vermoëns getwyfel en besluit om Sonic te nooi om te help, wetende hoe hy vinnig kan hardloop en hoog kan spring. Intussen, terwyl Sonic aankom, kan jy Mario beheer en hom help om munte te versamel en op Bowser se trawante te spring. Dan kan jy oorskakel na Sonic, maar hy sal ringe moet versamel, maar albei helde het dieselfde doel - om die prinses in Super Mario en Sonic te red.
