Een van die ninja-skilpaaie het besluit om saam met die monsters aan die wedloop deel te neem. Dit is 'n riskante besigheid, want monsters kan 'n teenstander langs die pad opvreet. Maar blykbaar wil ons held opwinding hê, en jy sal hom help om te oorleef en selfs hierdie eksotiese wedloop genaamd Ninja Runner Fighter te wen. Sodra die sein klink, moet jy vorentoe jaag, vertikale mure klim, oor hindernisse spring. ’n Ninja kan behendig vasklou aan enige van die monsters wat vooruit hardloop en sodoende krag spaar, en dan voor die wenstreep jaag en almal verbysteek. Gebruik verskillende strategieë om Ninja Runner Fighter te wen.