In antieke Japan was daar 'n Orde van Ninja Warriors wat verskeie vyande van die staat en monsters geveg het. Vandag is ons in die spel Ninja Defender ons sal een oorlog help om die tempel te betree en die taak van die hoof van sy bevel te vervul. Ons held wat deur die tempel reis, sal in sy sale binnedring. Hy sal deur verskeie monsters aangeval word. Ons karakter sal wapens baie gebruik soos 'n boemerang. Vlug dit in die vyand, ons sal hom tref, en dan sal die voorwerp terug vlieg. Ons sal die karakter moet skuif sodat hy dit afstoot en sodoende weer gooi. As ons nie tyd het om dit te doen nie, sal ons die wapen verloor en die rondte verloor.
