’n Spesiale trein wat van Antarktika na die oerwoud ry, kan dalk ophou bestaan, en die rede is te wyte aan die agteruitgang van die spoorweë. Die diere, wat bang was om die enigste vervoermiddel te verloor wat hulle toelaat om te reis, het na Diego gewend vir hulp by Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Die seun is gereed om te help, en betrek jou by die implementering van sy plan. Dit behels die herstel van die pad, maar eers moet jy al die diere in die waens sit. Passasiers stem in om slegs in die geselskap van hul eie soort te reis, so daar is 'n aparte wa vir pikkewyne, takbokke, bere, ensovoorts. Wanneer al die diere geplaas is, sal die trein sy reis begin en voor elke stop moet jy die pad soos 'n legkaart bymekaarmaak deur individuele afdelings in Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.
