Mario se avonture gaan voort in Super Mario Flash 2. sy vorige missie om prinses Peach te red was suksesvol, maar die held hoef nie lank op sy louere te rus nie. Die arme prinses is weer ontvoer en hierdie keer is dit deur 'n draak gedoen. Hy het die gevangene in die toring geplaas en eis volledige onderwerping van die Sampioen-koninkryk. Mario het nog nie tyd gehad om te rus nie, maar is weer op die pad. Hierdie keer sal hy meer vyande moet trotseer, hulle sal in massas aanval. Wees vinnig en rats terwyl jy op jou vyande se koppe spring en hulle vernietig in Super Mario Flash 2.