Die lewe in die Mushroom Kingdom word weereens ontwrig deur die ontvoering van Prinses Peach. Bowser kan nie kalmeer nie en kan niks nuuts uitdink behalwe om die prinses te ontvoer nie. Mario in Super Mario Flash gaan op reis om 'n meisie te red, dit is nie die eerste keer vir hom nie, en jy het 'n rede om weer 'n deelnemer aan 'n prettige avontuur te word. Lei Mario oor die platforms en spring op bose sampioene en skilpaaie. Vind die groot towervlieëzwam wat die loodgieter in Super Mario sal verander. Daarbenewens kan jy 'n magiese blom op die platforms vind, wat ook die held sal versterk en hom krag gee in Super Mario Flash.
