Die held van die spel Counter-Strike: Reboot sal met jou hulp aan twaalf missies moet deelneem. Omdat die inhoud streng geheim gehou word, sal doelwitte geopenbaar word soos jy die vorige missie voltooi. Die eerste word Alpha genoem en jou taak is om die aanval van terroriste af te weer wat jou basis wil vang. Op ander missies sal jy ander take moet verrig, soos: gyselaars bevry, terroriste-basisse vernietig, myne skoonmaak, ensovoorts. Alle missies is beperk in tyd, jy moet probleme vinnig en doeltreffend oplos in Counter-Strike: Reboot.