Ninjas het in die Middeleeuse Japan verskyn en gedien as spioene, verkenners en verkenningssaboteurs. Hulle het donker klere gedra, hul gesigte bedek en meestal in die nag geopereer, stil beweeg en opdragte voltooi. Alle ninjas het die kuns van ninjutsu bemeester. In wese is ninjas 'n soort vegter wat in spesiale operasies gebruik word, soos Japannese spesiale magte. Die held van die spel Ninja Speed Runner is ook toevertrou met 'n geheime missie, so hy beweeg vinnig. Shurikens vlieg na hom toe, waarvandaan hy moet ontwyk en jy sal hom hiermee help, wat die held dwing om in Ninja Speed Runner te spring of te duik.
