Begin op 'n prettige avontuur saam met 'n ongewone klein mannetjie wat op die punt staan om die eindstreep te bereik en veg teen 'n gevaarlike reuse-monster in Layer Man 3D: Run & Collect. Aan die begin is die held 'n gewone middelvlakkarakter, maar jy kan hom grootmaak as jy veelkleurige ringe versamel, hulle bo-op mekaar lê en deur die groen hek gaan om die vlak nog hoër te verhoog. In hierdie geval moet jy voortdurend skiet, struikelblokke afslaan of omseil. Die skurk het vir homself baie struikelblokke gestel wat vernietig moet word, en op die aanvanklike vlakke is dit onwaarskynlik dat jy sukses sal behaal, maar soos jy ondervinding en krag opdoen, sal alles uitwerk in Layer Man 3D: Run & Collect.