Die ninja het lank gestudeer en uiteindelik het die tyd aangebreek om sy kennis en vaardighede in Dark Ninja Hanjo te gebruik. Sensei het sy student ingelig dat hy gereed is om 'n onafhanklike lewe te begin, maar terselfdertyd is die oudstudent gevra om 'n baie belangrike missie uit te voer om die stad te herstel. Die missie sal wys hoe voorbereid die held is. Die stad word deur duisternis verteer om dit te bevry, sal jy demone of besete krygers moet beveg. Die ninja sal kan wys waartoe hy in staat is. Ontvang instruksies van die onderwyser in die aanvanklike stadium, hy sal sy student vergesel, maar dan moet jy op jou eie optree in Dark Ninja Hanjo.
