Die jong en selfversekerde ninja het op 'n reis gegaan om lewenservaring op te doen, volgens die raad van 'n wyse onderwyser. Hy het al baie kilometers gestap, baie gesien en hom dikwels in verskillende situasies bevind waarin hy sy vaardighede en vermoëns wat hy opgedoen het terwyl hy in die klooster studeer het, moes gebruik. Maar in Cute Shinobi Escape bevind hy hom in 'n situasie waaruit hy nie op sy eie kan uitkom nie, hy sal jou hulp nodig hê. Die held het eenvoudig verdwaal, nie in die woud nie, maar in 'n ou gebou. Jou taak in Cute Shinobi Escape is om die held te vind en hom verby die ou geboue te lei, en dan uit die bos.
