Voëlmigrasie is die jaarlikse migrasie van voëls na warmer streke. Sodra die herfs aanbreek, trek baie voëlspesies suidwaarts om die koue winter te oorleef. Eende is een van hulle, en in die spel sal jy een eend help om 'n moeilike vlug te oorkom. Maar eers moet jy 'n karakter kies uit die helde wat in die speletjie aangebied word: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen en Dax. Enigeen van hulle sal jou beheer gehoorsaam. Die plot van Migration Flappy Duck is dat jou voël agter die kudde geval het. Toe al haar familielede wegvlieg, was haar vlerk beskadig, maar nou het dit genees en jy kan probeer om die trop in te haal en saam te vlieg. Maar eers sal jy baie struikelblokke moet oorkom en jou vlerke kragtig moet klap sonder 'n breek in Migration Flappy Duck.
