Die ninja het pas teruggekeer van 'n staptog en het besluit om sy inheemse klooster, waar hy gestudeer het, te besoek en sy gunsteling onderwyser, wat hom 'n groot hoeveelheid kennis gegee het en hom geleer het hoe om sy liggaam en gees te beheer. Hy het die monnike in moedeloosheid en groot frustrasie gevind. Die vorige dag het die rooi samoerai die klooster aangeval en 'n versameling antieke klippe met rune gesteel. Dit is heilige klippe wat al vir eeue in die klooster aangehou word. Ons held het gesweer om alles wat gesteel is terug te gee en het dadelik op sy reis vertrek. Help die held in Ninja Run om sy heilige missie te vervul. Die ninja sal hardloop, en jy sal hom help om betyds oor hindernisse en oor vyande te spring en klippe te versamel.
