Verskeie prototipes is in die Matrix geskep, en een daarvan, nommer 09435, het geblyk die suksesvolste te wees. Dit is 'n digitale seun wat vinnig op 'n wonderlike manier begin ontwikkel het en gou die buitewêreld wou verken. Hy het 'n manier gevind om die matriks te verlaat en het op pad na Prototype Guy gegaan. Die skeppers het besluit om nie met die man in te meng nie, hulle vra jou om hom te help om aan te pas en struikelblokke te oorkom. Dit is nodig om oor skerp spykers en vierkantige robotte te spring. Terloops, robotte kan vernietig word as jy direk bo-op hulle spring. As die struikelblok nie oorkom word nie, sal die held weer in Prototype Guy begin.
