Die sakeagtige en selfversekerde held van die spel Ninja Frog Runner is 'n ninja padda. Nadat hy 'n verband op sy kop vasgemaak het, stel die padda hom onoorwinlik voor en jy sal help om dit aan die hele virtuele wêreld te bewys. Om dit te doen, moet jy die hele pad gaan en binne die vyf minute limiet bly. Die held sal op elke moontlike manier deur verskeie wesens verhinder word: hondsdol vliegzwame, 'n abnormale galopende pienk haas, en 'n blou papegaai met 'n groot snawel sal probeer om van bo af aan te val. En dit is net die begin. Daarbenewens draai skerp sae op die platforms, daar is baie putte met water of lawa. Versamel bessies, insluitend die breek van bruin blokke in Ninja Frog Runner.
