’n Dapper ninja genaamd Kyoto moet op die dak van ’n hoë gebou klim. Jy in die spel Ninja Up sal die karakter help in hierdie avontuur. Voor jou sal jou ninja wat op die grond staan op die skerm sigbaar wees. Op 'n sein sal jou karakter na 'n sekere hoogte begin spring. Jy sal 'n streep onder die ninja met die muis moet trek. Sodra jy dit teken, sal 'n spesiale rubbertou verskyn. Jou held, nadat hy daarop geval het, sal 'n sprong maak en opvlieg. Deur dus hierdie toue in die spel Ninja Up te trek, sal jy die held geleidelik help om op die dak van die gebou te klim. Terselfdertyd, langs die pad, sal jy die ninja moet help om items te versamel wat op verskillende plekke op die speelveld in die lug sal hang. Vir hul keuse in die spel Ninja Up sal jy punte gee.
