Op reis deur die Melkweg, kom 'n navorser genaamd Tom voortdurend verskeie antieke artefakte teë. Om jou held by hulle uit te kom, moet hy verskeie raaisels oplos. Jy in die spel Puzzle Galaxies sal hom hiermee help. Voor jou op die skerm sal jy 'n ontwerp sien wat uit kubusse bestaan. Elkeen van hulle sal binne verdeel word in 'n gelyke aantal vierkante sones. In elke sone sal jy 'n bal van 'n sekere kleur sien. Deur die beheersleutels te gebruik, sal jy die kubusse om sy as in die ruimte draai. Jou taak is om hierdie items so te stel dat al die balle in 'n sekere volgorde gerangskik is. Sodra jy dit doen, sal jy 'n sekere aantal punte in die Puzzle Galaxies-speletjie kry en jy sal aanbeweeg na die volgende vlak van die spel.
