Die inwoners van 'n klein Japannese dorpie word voortdurend deur die plaaslike aristokraat onderdruk. ’n Samoerai wat deur Japan gereis het, het besluit om hulle te help. Om dit te doen, sal hy die landgoed van 'n aristokraat moet infiltreer en dit vernietig. Jy in die spel Mini Samurai Kurofune sal die samurai help in hierdie avontuur. Jou held sal in die landgoed moet kom wat deur ninja-huursoldate bewaak word. Hulle sal jou karakter aanval. Jy beheer die optrede van die held sal teen hulle veg. Deur 'n swaard behendig te swaai en hand-tot-hand-gevegstegnieke te gebruik, sal jy al jou teenstanders moet vernietig. Hiervoor in die spel Mini Samurai Kurofune sal jy punte kry. Na die dood van die vyand, versamel trofeë wat uit hom sal val.
