Eksperimente is op die hoofkarakter van die Mutant Escape-speletjie in 'n geheime laboratorium uitgevoer. Wetenskaplikes het 'n mutant by hom uitgebring vir militêre behoeftes. Eenkeer het een van die wagte vergeet om die deur na die sel toe te maak en ons held kon uitkom. Nou sal hy kan ontsnap, en jy sal hom hiermee help. Met die beheersleutels sal jy aandui in watter rigting jou karakter sal moet beweeg. Op pad sal hy verskeie items en wapens moet versamel. Wagte loop rond in die laboratorium waarmee jou karakter in geveg moet betrokke raak. Deur akkuraat te skiet, sal jy jou teenstanders vernietig en hiervoor sal jy punte in die Mutant Escape-speletjie kry. Jy kan ook trofeë optel wat uit die wagte kan val.
