Die ninja het besluit om sy bene te rek en in die stad rond te hardloop om munte te versamel. In die spel Ninja Runner sal jy 'n held ontmoet en hom help om stadsparkour te reël. Daar is geen onoorkomelike hoogtes vir die held nie, jy kan verskeie kere op die ou klik en hy sal na enige piek spring: 'n platform, 'n toring en nog 'n piek. Nadat u deur die vlak gehardloop het, kan u na 'n ander beweeg, maar wees versigtig, op nuwe vlakke sal daar bykomende struikelblokke wees in die vorm van skerp spykers waarop u nie hoef te spring om nie lewensharte te verloor nie. Daar is meer en meer skerp hindernisse, wat beteken dat jy baie vinnig en rats sal moet wees om die ninja te red om lewens in Ninja Runner te verloor.
