Die dapper ninja van Kyoto moet, in opdrag van die hoof van sy orde, na die Donker Lande gaan en antieke artefakte daar vind. Jy in die spel Ninja vs Zombies sal by hom aansluit in hierdie avontuur. Jou held sal deur baie plekke moet gaan en verskeie gevare moet oorkom. Hordes zombies dwaal deur die liggings waarmee jou held sal moet veg. As hy met hulle in die stryd tree, sal die held verskillende wapens gebruik. Deur die lewende dooies te vernietig, sal jy punte verdien, en jy kan ook trofeë insamel wat uit hulle sal val. Met die punte wat jy kry, kan jy verskeie wapens en ammunisie vir jou karakter in die spelwinkel koop.
