Diep in die oerwoud woon 'n gorilla genaamd Donkie wat altyd haar vriende help. Eenkeer het ons karakter besluit om sy verre familielede te gaan besoek wat aan die ander kant van die oerwoud woon. Jy in die spel Super Donkey Kong 99 sal die held in hierdie avontuur moet help. Jou karakter sal op die skerm voor jou sigbaar wees, wat onder jou leiding vorentoe langs die pad sal beweeg en geleidelik spoed optel. Op die pad sal jou karakter piesangs en goue munte moet versamel wat oral oor die plek gestrooi is. Hy sal ook verskeie strikke en struikelblokke moet oorkom wat op sy pad teëkom.
