'n Oorlog het begin tussen die ninja-stamme wat verskeie kante ondersteun in die stryd tussen die Lig en Donker magte. In die spel Ninja Legend, sal jy jou held help om die donker ninjas terug te veg wat die klooster aangeval het, waar hulle die krygers van die ligte magte voorberei. Voor jou op die skerm sal jy jou karakter sien gewapen met 'n skild en 'n spies. Die spies van die vyand sal in sy rigting beweeg. Jy, wat jou held beheer, sal die trajek van die gooi moet bereken en 'n spies na die vyand moet gooi. As jou doel akkuraat is, sal die spies die vyand tref en hom vernietig. Spiese sal ook na jou held gegooi word. Jy sal jou skild moet gebruik om hulle te beveg. Jou held kan ook verskeie magiese vermoëns gebruik om vyande te beskerm of aan te val.
