Twee broers wat op reis was, het die ingang na 'n geheimsinnige grot gevind. Hulle het besluit om dit te verken, maar het nie vermoed dat dit 'n portaal na 'n ander wêreld is nie en dit blyk oop te wees. Die helde het in 'n oomblik geblyk baie ver van hul huis af te wees en dit is nie meer moontlik om op dieselfde manier terug te keer nie. Die portaal het gesluit, jy moet ander uitgange soek en jy sal die helde help in hul soektog in die Super Brothers-speletjie. Op elke vlak is dit nodig om seskantige kristalle en sleutels sonder versuim te versamel. Sonder hulle sal die klipdeure nie oopmaak nie. Elke broer het sy eie vermoëns. Die een weet hoe om waterversperrings maklik verby te steek, en die ander - vuur. Die helde moet mekaar help om lokvalle suksesvol te vermy en sleutels in Super Brothers te versamel.
