Die bejaarde ninja-meester Kyoto het besluit om homself 'n vaardigheidsopleiding te gee. Jy in die spel Fruit Ninja sal hom hierin aansluit. 'n Kamer waarin jou karakter sal wees, sal op die skerm voor jou verskyn. Op 'n sein sal vrugte uit verskillende rigtings begin vlieg. Hulle sal op verskillende hoogtes kuit en teen verskillende snelhede vlieg. Jou taak is om al hierdie vrugte in stukke te sny. Om dit te doen, kyk versigtig na die skerm. Sodra die vrugte verskyn, begin net die muis daaroor beweeg. So sal jy die vrugte in stukke sny en punte daarvoor kry. Maar wees versigtig. Bomme skuil dalk tussen die vrugte. As jy aan hulle raak, sal 'n ontploffing plaasvind en jy sal die vlak verloor. Dan sal jy oor die verloop van die Fruit Ninja-speletjie moet begin.