In die sampioenryk het weer probleme ontstaan, het onbekende wesens in maskers en klere die land binnegeval, en dit is nie mense nie, maar blykbaar robotte wat teen alle lewende dinge gekant is. Hulle is goed gewapen en wapens is nie van aardse oorsprong nie. Maar ons held Mario is ook nie 'n mis in Super Mario Mission Impossible nie. Hy het 'n kragtige blaster wat 'n dodelike laserstraal skiet om ongewone vyande te vernietig. Maar daar is net een loodgieter, en daar is baie robotte, so haas hom te hulp en vernietig almal wat hom onderweg ontmoet. Die held sal voortdurend beweeg en dit is belangrik om die vyand nie te naby in Super Mario Mission Impossible te laat kom nie.
