Daar is genoeg skurke in Gotham, en sodra Batman dit regkry, verskyn 'n nuwe, meer vindingryke en gevaarlike een. Hierdie keer in Batman Color Fall het 'n onbekende genie ontstaan wat besluit het om die rivier wat deur die stad vloei, te vernietig. Hy is van voorneme om tonne giftige veelkleurige vloeistof in die water te gooi, wat alle lewende dinge sal doodmaak, en 'n moerse moeras sal in plaas van die rivier verskyn. Die giftige vloeistof is reeds in reënbakke gegooi wat op verskillende plekke bo die rivier geleë is. Batman het daarin geslaag om hierdie genie te vind en hom te hanteer, maar nou moet hy die gekleurde vloeistof afvoer en dit so ver as moontlik van die stad af neem. Ry die bote en dreineer die oplossings deur die nodige dempers oop te maak. Die kleur van die vloeistof moet ooreenstem met die kleur van die boot in Batman Color Fall.
