In die tweede deel van Funny Throat Surgery 2 gaan u voort as tandarts in 'n hospitaal. Pasiënte met tandheelkundige siektes sal na u afspraak kom. In die eerste plek moet u die mondholte deeglik ondersoek en die pasiënt diagnoseer. Daarna verskyn 'n bedieningspaneel waarop verskillende mediese instrumente en medisyne sigbaar sal wees. Deur hierdie items konsekwent toe te pas, voer u 'n stel aksies uit wat daarop gemik is om die pasiënt te behandel. As u klaar is, sal hy heeltemal gesond wees en sal u ander pasiënte begin behandel.