Vir 'n geruime tyd het die ninja-koninkryk rustig geleef en ontwikkel, nuwe stede is gebou, die bevolking het toegeneem, en toe het kommerwekkende seine van die buitewyke af begin opdaag. Mense het weer die invloed van donker magte uit die ou kerkers begin raaksien. Die vierkantige ninja-koning moet dus weer in die katakombes afgaan en hulle skoonmaak in die spel Kingdom of Ninja 4. Jy en hy sal jouself by die ingang van die labirint bevind en sal hom help om die vlakke een na die ander te slaag. Jy moet van die rooi vlag na die deur gaan, maar om dit te doen sal jy maksimum behendigheid moet gebruik, want daar is baie strikke wat voorlê. Dit sal roterende sae, skerp spykers, kanonne wees wat kanonkoeëls van die mure af skiet en vele ander. Jy moet behendig tussen hulle maneuver, oorspring en na die doel beweeg. Monsters sal na jou toe kom, maar moenie probeer om hulle dood te maak nie, aangesien jou held ongewapen is, is dit beter om hulle eenvoudig te omseil in die spel Kingdom of Ninja 4 - hulle sal jou nie agtervolg nie. Versamel kosbare kristalle, goue munte en oop skattekiste. Sodra jy die laaste vlak bereik en al die waardevolle items versamel, sal die monsters wat agterbly verdamp en nie meer probleme vir die inwoners van die koninkryk veroorsaak nie.
