In die moderne wêreld is daar 'n hele paar dodelike virusse wat verskillende lewende wesens doodmaak. In Kill The Microbes sal jy vandag van sommige van hul spesies moet veg. Voor u op die skerm sien, sal u verskillende mikroörganismes op verskillende plekke op die speelveld sien. U moet een daarvan kies en met die muis daarop klik. Op hierdie manier spuit u die medisyne in en laat die bakterie ontplof. Haar stukke wat in ander mikroörganismes val, sal dit vernietig en u sal punte daarvoor kry.
