In die verre toekoms het wetenskaplikes geleer om voorwerpe tot mikroskopiese groottes te verminder. In die spel Spore Hunter het hulle besluit om die vlieënier met 'n spesiale vliegtuig te stuur om die mikro-wêreld te verken. Jou held sal op 'n sekere roete moet vlieg en hierdie wêreld verken. Wesens bestaande uit spore sal ons held aanval. Die ingevoerde nommers sal daarin sigbaar wees. Dit beteken hoeveel treffers u vir die dier moet maak om dit te vernietig. As u op u skip slim maneuver, sal u dit vanaf u wapen skiet en spore vernietig.
