In die spel Flappy Run Online kry jy in die wêreld waar wesens leef wat deur die lug kan beweeg. Vandag het die maatskappy van sulke wesens besluit om op reis te gaan en die afgeleë hoeke van hul land te verken. Toe hulle in die lug opstyg, het hulle langs die roete gevlieg. Om hulle in die lug te hou, moet jy met die muis op die skerm kliek. Op die pad van hul beweging sal kolomme en ander struikelblokke kom. As dit alles gebeur, verloor jy en begin die verloop van die spel weer.
