Jou basis is een van die min veilige eilande wat op aarde gelaat word na 'n wêreldwye inval uit die ruimte. Behalwe vir die fisiese impak, het hulle 'n virus vrygestel wat baie mense in monsters laat verander het, soos die aggressors self. Jou taak in Protect Zone 2 is om die basis van monsteraanvalle te beskerm. Gemuteerde mense wat met vreemdelinge gemeng is, sal probeer om die heinings te penetreer. Dood die maksimum van vyande en betree die spelgeskiedenis as die moordenaar van monsters.
